Uwe Böhnhardt, Uwe Mundlos, Beate Zschäpe, Ralf Wohlleben und weitere spätere Mitglieder und Unterstützer*innen des NSU wuchsen in Jena auf. Schon während der DDR-Zeit waren sie in verschiedenen alternativen Jugendszenen unterwegs, insbesondere in der rechten Skinhead-Szene, bei den sogenannten „Naziskins“. Diese Szene wuchs Ende der 1980er Jahre: Im Jahr 1988 zählte die Stasi in Thüringen bereits über 100 Skinheads, wobei die Dunkelziffer deutlich höher liegen dürfte.^*

Zudem stellten die Sicherheitsbehörden einen Anstieg von Brutalität sowie eine zunehmende „Verherrlichung und Nachahmung faschistischer Symbole und Organisationsstrukturen“ in der Öffentlichkeit fest.^* Zwischen März und Juni 1989 vermerkte die Stasi im Bezirk Gera, zu dem auch Jena gehörte, mehrfach „außergewöhnliche Vorkommnisse neofaschistischen Inhalts“ an Schulen, vorrangig unter Schülern der 8. und 9. Klassen.^* Von offizieller Seite wurden Probleme mit Neonazis in der DDR jedoch immer geleugnet: Die Behörden und die Medien stellten sie vielmehr als unpolitische „Rowdys“ dar.

Ein ehemaliger Lehrer von Uwe Mundlos beschreibt, dass dessen Radikalisierung ab der 8. Klasse trotz kurzgeschorenen Haaren, Springerstiefeln und häufiger Provokationen an den Lehrkräften vorbeiging. Er habe sich im Unterricht stets „darum bemüht, die Politik […] rauszuhalten“ und auch die Entwicklung Uwes „nur am Rande mitgekriegt“, so der Lehrer. Was die Schüler in ihrer Freizeit taten, sei schließlich deren „Privatsache“ gewesen.^*

Ab 1990 genoss die rechte Szene neue Freiheiten. Rechte Zeitschriften und Szene-Texte wurden nun für das spätere Kerntrio zugänglich, ebenso Musik von westdeutschen Nazibands wie Noie Werte, aber auch von der 1991 gegründeten Band Landser, deren Wurzeln in Ost-Berlin liegen. Der 1991 eröffnete Winzerclub in Jena-Winzerla wurde zum Treffpunkt der rechten Szene: Ein Freiraum für jugendliche Neonazis, die zugleich die Umgebung des Clubs zur Angstzone für Migrant*innen und Linke machten.

Kurze Zeit später wurden Mundlos, Böhnhardt und Zschäpe Mitglieder der Kameradschaft Jena. Diese gehörte ab 1996 zum Thüringer Heimatschutz (THS), einem Netzwerk rechtsradikaler und militanter Gruppen mit ca. 170 Mitgliedern (Stand 2001), in dem offen über die „Gewaltfrage“ diskutiert wurde. 

Zugleich stellte der THS das Bindeglied zwischen den örtlichen, informellen Kameradschaften, der NPD und der bundesweiten Neonazi-Szene dar.^* Das Trio begann Diebstähle zu begehen und Waffen zu sammeln, weshalb in den 1990er Jahren mehrfach gegen sie ermittelt wurde. Zur selben Zeit begann in Jena und Umgebung eine ganze Serie rechter „Aktionen“. 

Torsten Hahnel war damals Mitglied der Punk-Szene, arbeitet heute für Miteinander e.V. in Halle und beschreibt die Situation im Interview so:

Im August 1992 fand in Rudolstadt, 40 Kilometer südwestlich von Jena, ein „Rudolf-Heß-Gedächtnismarsch“ statt. Das Ereignis wirft ein Schlaglicht auf die rechte Szene in den 1990er Jahren.^*

Trotz behördlichen Verbots kamen am Todestag des „Stellvertreters“ von Adolf Hitler etwa 2.000 Nazis aus ganz Deutschland in Rudolstadt zusammen. Unter ihnen war auch das spätere NSU-Kerntrio. Die Polizei griff nicht ein, vielmehr nahm sie laut Zeitungsberichten 93 Teilnehmende einer Gegendemonstration fest.

Der Schauplatz Rudolstadt verweist darauf, dass die rechte Szene versuchte, sich nach der „Wiedervereinigung“ gerade im Osten Deutschlands bestimmte Räume zu erobern. Dabei waren nicht nur die größeren Städte, sondern insbesondere ländliche Regionen im Fokus. Während in den urbanen Zentren rechtsradikale Umtriebe immer wieder auch die Aufmerksamkeit der Behörden erregten, fanden sich in der Peripherie größere Freiräume. 

Organisiert wurde der „Gedächtnismarsch“ unter anderem von Thomas Dienel, der früher Mitglied der FDJ und der SED gewesen war, nun aber als Vorsitzender der Thüringer NPD fungierte.

Einem Journalisten gegenüber sagte Dienel, das Ziel der Aktionen sei es, „den Nationalsozialismus hoffähig [zu] machen.“ Er sagte auch: „Wir müssen Ausländer und Asylanten mit brachialer Gewalt bei Seite schaffen.“^* Ende 1992 wurde er wegen fremdenfeindlicher und antisemitischer Äußerungen verurteilt und saß einige Zeit im Gefängnis. Ab 1995 arbeitete er als Informant für den Thüringer Verfassungsschutz und erhielt für seine Tätigkeiten insgesamt 25.000 DM, die er größtenteils für rechtsradikale Aktionen verwendete.

Zwei Reaktionen auf den Aufmarsch in Rudolstadt, die in einem Zeitungsartikel der taz zitiert werden, sind besonders bemerkenswert. Die eine stammt von einer Rentnerin, die den Marsch beobachtete. Sie sagte: „Wenn das die Einheit sein soll, dann pfeif' ich darauf.“^*

Das Zitat verdeutlicht das rasche Zusammenwachsen der neonazistischen Szenen von Ost und West. Aus der Perspektive der Rentnerin und vieler weiterer Ostdeutscher kamen Neonazismus und Rassismus „aus dem Westen“.

Obwohl auch auf dem Gebiet der ehemaligen DDR Anfang der 1990er Jahre bereits eine „bewegungsförmige rechte Subkultur“ vorhanden war, wurde diese tatsächlich von den etablierten, bestens vernetzten Akteuren aus der „alten“ Bundesrepublik auf vielerlei Weise unterstützt und gefördert.^*  Und bei den späteren Mordopfern des Kerntrios handelte es sich überwiegend um schon seit Jahrzehnten in der Bundesrepublik lebende Deutsch-Türken. Insbesondere dieser Hass auf Türk*innen kann spezifisch als „Westimport“ angesehen werden, geboren aus der fremdenfeindlichen Ablehnung sogenannter „Gastarbeiter“ in den 1980er Jahren.^*

Die zweite Reaktion stammt vom Einsatzleiter der Polizei vor Ort. Dieser richtete an die Veranstalter des Aufmarsches die Bitte: „Sorgen Sie dafür, daß dies hier nicht zum Problem wird.“^*

Es stellt sich die Frage, welches Problembewusstsein bei der Polizei überhaupt vorhanden war. Tatsächlich war es wohl nicht so, dass die Ordnungsbehörden den Anstieg rechter Gewalt in den 1990er Jahren nicht wahrnahmen, vielmehr waren sie schlicht davon überfordert.^*

Ganz ähnlich war die Situation wenige Wochen vorher bei den rassistischen Pogromen in Rostock-Lichtenhagen gewesen. Auch dort hatte die völlig unzureichend ausgerüstete örtliche Polizei dem gewalttätigen Mob nichts entgegensetzen können – und in vielen Fällen vermutlich auch nichts entgegensetzen wollen.^*

Der Jenaer Kriminalpolizist Thomas Matczak beschrieb die Lage im Interview mit der Journalistin Jana Simon 2016 im Rückblick so:
 

1996 wurde das Denkmal für Magnus Poser auf dem Jenaer Nordfriedhof mit einem Hakenkreuz, der SS-Rune und dem Satz „Juden raus“ beschmiert. Die Täter*innen waren mutmaßlich das spätere NSU-Kerntrio. Doch warum suchten sie sich ausgerechnet dieses Denkmal aus? 

Ein Grund war sicherlich die Biografie Posers selbst: Magnus Poser war Kommunist und ein Widerstandskämpfer gegen den Nationalsozialismus. Ein zweiter Grund dürfte die Bedeutung des Denkmals in der DDR gewesen sein. Für den sozialistischen Staat war der antifaschistische Widerstand gegen den Nationalsozialismus ein Gründungsmythos. Ein Anschlag auf das Denkmal richtete sich daher auch direkt gegen die DDR selbst. Mit der Selbstbezeichnung „Nationaler Widerstand“ stellten sich die Täter*innen von 1996 in eine vermeintliche Tradition des Widerstands gegen herrschende politische Verhältnisse.

Nicht zuletzt könnte ein dritter Grund gewesen sein, dass Uwe Mundlos‘ frühere Schule nach Poser benannt war: die Polytechnische Oberschule „Magnus Poser“, die heutige Montessorischule in Jena-Nord.

Der Anschlag auf das Poser-Denkmal zeigt, wie wichtig und wie komplex der historische Hintergrund für die Taten des NSU war. Einerseits war der Bezug auf den Nationalsozialismus stets gegenwärtig, in Verbindung mit dem für die rechte Szene typischen Antisemitismus. Andererseits spielte bei der Auswahl dieses Angriffsziels mutmaßlich auch die DDR-Sozialisation der Täter*innen und deren Hass auf Linke und Kommunist*innen eine wichtige Rolle. 

Hierzu sagte Torsten Hahnel im Interview^* :

Die Kombination aus historischen und aktuellen Bezügen zeigt sich auch an den weiteren Angriffszielen. Im April 1996 wurde an der Autobahnbrücke eine aufgehängte Puppe mit einem gelben „Judenstern“ gefunden. Im Oktober 1996 tauchte eine Bombenattrappe im Ernst-Abbe-Stadion auf. Zum Jahreswechsel 1996/97 wurden Briefbomben-Attrappen an die Redaktion der Thüringischen Landeszeitung, die Stadtverwaltung und die Polizeidirektion Jena geschickt. Zu Weihnachten 1997 wurde, erneut am Poser-Denkmal, eine Holzkiste mit aufgemaltem Hakenkreuz gefunden. Diesmal war sie leer.^*

Nicht zuletzt Organisationen und Vereine wie The Voice, Asyl e.V., die Junge Gemeinde, Opferberatungsstellen und engagierte Einzelpersonen, die an den vorhergehenden Stationen des Rundgangs vorgestellt wurden, haben immer wieder auf rechte und rassistische Gewalt hingewiesen. Dennoch reagierten die Politik und die Behörden erst spät und unzureichend.

Am 26. Januar 1998 wurden in Lobeda und Winzerla mehrere Garagen durchsucht, unter anderem die von Beate Zschäpe. Dennoch konnte das Kerntrio untertauchen: Böhnhardt war während der Durchsuchung sogar vor Ort, wurde aber von der Polizei nicht am Wegfahren gehindert. Kurz darauf wurden in Zschäpes Garage vier funktionsfähige Rohrbomben mit insgesamt fast 1,4 Kilogramm TNT-Sprengstoff gefunden.

Zwei Tage später erging Haftbefehl gegen die drei „Bombenbastler von Jena“ wegen der Herstellung der „Theaterbombe“. Öffentlich wurden sie jedoch erst zwei Wochen später, am 12. Februar 1998, zur Fahndung ausgeschrieben. Am Tag darauf schrieb die Leipziger Volkszeitung im Rückblick über die langsame Reaktion der Behörden:

Zwar sprach nach den Funden in den Garagen selbst Helmut Roewer, der Präsident des Landesamtes für Verfassungsschutz (LfV), von einer „neuen Qualität der Gewaltbereitschaft“. Rechte Gruppierungen und Organisationen wurden nun häufiger verboten. Doch dies führte teilweise nur zu einem Rückzug der Rechtsterroristen in informelle Strukturen oder in den Untergrund – wo ihnen weiterhin große Schutzräume zur Verfügung standen.

Gerade der Blick auf Helmut Roewer zeigt, dass die tatsächliche Gefahr unterschätzt wurde. Unter seiner Leitung warb das LfV auch weiterhin V-Personen (Vertrauenspersonen) aus der rechten Szene an und zahlte diesen großzügige Honorare.